4月22日晚，当时的该粮库主任刘忠库来到了富锦市粮食局汇报自查情况。据当时在现场的粮食局系统官员告诉记者，汇报自查情况中刘承认，目前该粮库粮食有很大的缺失，并且说不清具体缺失情况。
于是，4月24日，富锦市粮食局就此事向富锦市委、市政府进行了汇报。当天，富锦市委、市政府决定，由粮食部门派出得力干部组成工作组，进驻九零粮库开展调查核实工作。
同时，富锦市将亏库情况及时向佳木斯市委进行了汇报。佳木斯市委立即成立了有公安局、检察院、审计部门、纪检监察机关、财政、粮食等相关部门参加的联合调查组，第二天(4月25日)，由市级领导带队进驻富锦九零粮库开展调查工作。
随后，围绕九零粮库事件，佳木斯市联合调查组和富锦市工作组近期主要做了四项工作:
一是对九零粮库账目进行了全面清理、收缴和审计。
二是组织力量对粮库陈化粮库存情况进行了全面盘点。
三是组建了新的粮库领导班子，并对职工开展宣传教育和思想稳定工作，保证正常安全生产。
四是由司法机关对相关人员进行立案侦查。
据吕广良说，通过前一时期工作，4月28日，公安机关认定，原粮库主任刘忠库、出纳员姚丽艳等二人已经涉嫌犯罪并已实行了抓捕，传言中所说的“目前相关人员至少6人被抓”并不符合事实。他同时表示，亏库情况，涉嫌犯罪情况正在调查审理中。
粮库方面，4月25日，富锦市粮食局紧急抽调两位副局长进驻该粮库，成立临时领导班子，富锦市粮食局副局长刘俐君兼任粮库主任。随后召开了部分职工大会，将问题向职工做了通报。
为了确保安全，粮食局把其保卫股部分成员调往九零粮库，24小时巡逻，并增加夜间更夫人数至80人，以防有火灾之类紧急情况的发生。
随后，富锦市对整个粮库的领导班子做了大调整，从富锦市其他粮库调来3位领导班子成员，加上之前的两位粮食局副局长，新领导班子成员共5位，原领导班子成员有3人保留了职位。
同时，为了举一反三，粮食局还下令全市所有粮库都要同步自行进行核查，一周后会得到自查的结果。
依然有悬疑
“从开始到现在，根本没有中纪委的人来过这里调查，这才是事实。” 吕广良向本报记者强调说，之所以没有马上向社会公众发布他说的这些事实，是因为事发之后，佳木斯市政府以最快速度介入此事，而目前整个案件正在调查取证阶段，还没有一个明确的结论，同时也怕影响、干扰到专案组的办案。“我们是想着有了明确的结果，就马上告诉公众。”
人们的传言中，一个非常吸引人的内容便是，富锦九零粮库是“东北最大国储粮库”甚至是“亚洲第一大粮库”。
听到这一说法，富锦市粮食局长吴崇山笑了:“这个粮库固定仓容不过15.33万吨，只是一个中等粮库而已。”
吴崇山同时告诉记者，九零粮库也不是传说中的中央储备库，而只是一个地方国有粮库。该粮库也有国家粮食储备的任务，但准确的说法应该是，它有时候会担当国家粮食储备的“收购点”。
另外，他还提到了一个不为人们所知的情况:九零粮库储存的只有水稻，2005年实现了改制，而其库存的粮食，基本上都是2002年之前按照国家要求最低保护价收购上来的陈化粮，“都是不能用来食用的”。
然而，事情并未完结。富锦市政府有关人士坦承，目前因为联合调查组的调查还在进行中，民间传言的一些内容到目前为止还无法给出准确翔实的说法，比如目前亏空问题严重到什么程度、涉案人员犯罪程度。
人们关注此事的一个焦点，就集中在了涉案金额以及其他可能的涉案人员上面。本报记者在调查中听到了两种传言，一种说是初步查明7个亿资金无法对上账，另一版本说是9个亿。而至截稿时为止，本报记者尚无法对上述传言进行核实。
对于粮库亏空造成的种种传言，国家粮食局副局长曾丽瑛5月7日接受新华社记者采访时表示，空仓有几种情况，一是目前我国粮食仓容大于实际粮食库存，上世纪90年代中后期由于粮食连年丰收，国家粮食库存达到历史最高水平，而目前国家粮食库存处于一个比较合理的水平，因此有一部分闲置仓库。二是粮食库存数量是一个动态的数字，在粮食收购季节，粮食库存增加，之后为保证市场供应，库存粮食不断投放市场，粮食销售数量大于购入数量，粮食库存数量逐渐降低。而且在每年新粮上市前，大多数企业为做好收购准备，都会腾仓并库，用于新粮收购，这时候就会出现一定数量空仓；储备粮轮出也会使仓库出现暂时空仓。
