南美短鲷与一般的鱼一样，都会生老病死；然而，当心爱的鱼支生病时，免不了一阵懊恼：怎么又生病了呢？因此，了解南美短鲷的的特性，才能防止疾病的发生。
一般来说，酸软、缓慢、洁净、导电度低，大概是我们常常可以听到的说法，而事实也是如此。因此，如何「持续」的把水质一直控制在上述的水质，是我们要一直努力的的。若水质偏碱性，重金属含量高，鱼而发生疾病的机会较高；不仅如此，鱼儿也会显得较为不安与焦躁。不过，就算是水质控制良好的情形下，鱼而还是有可能会生病的。说起来短鲷的疾病绝大部分在笔者个人的经验都是水质不良所引起居多，少部分是由于管理时的不当所引起。
按照一般的分类方式，可分为体内、以外两大类。体内意味着体内虫作怪，使得鱼儿拉白便、拖便等。体外疾病如夹尾等我们会把他视为下体外的药。不过事实上疾病的发作点是不分体内外的，夹尾也不一定是体外的疾病。例如头洞病来说，一般会视为由体内六鞭毛虫所引起的疾病；然而如果体表已经有溃烂等症状，其也必须下体外的药以防止二次的感染。以下简单的叙述短鲷的疾病与治疗方式；不过，良好的水质最治本的方式。
一.驼型线虫
红色的东西就是驼型线虫。
原因：鱼儿本身若在养殖场有喂食活饵，中标的机率较大，有些带菌的黑壳虾也会引起。
症状：鱼儿屁屁露出红色会动的东西。严重鱼儿出现食欲不振，最后拜拜。
治疗：Levamisole25公升一颗，下太重鱼儿会不太动，没有精神。
治愈机率：难。
二.头洞病
初期很像青春痘。中期已经开始腐蚀头部。
原因：通常会说是因为营养不良，以及鱼儿紧迫，造成鱼支体内的体内的六鞭毛虫不正常增生所引起，但笔者经验水质不良或是饵料不洁才为主因；鱼儿因为营养不良或紧迫而发病的机会反而较少。
症状：头部两眼之间出现凹陷或是类似人类的青春痘流脓状。初期类似白点般出现在于儿的两眼正中间，然后逐渐扩大，腐蚀头部肌肉，鱼而渐渐食欲不佳，腹部凹陷，虚弱而死。
治疗：
1.or2.and3.
1.体内虫用药 water life octozin 或 KD3，剂量依包装所指示服用。
2.头洞病专门用药 巴克林 日本制（德河）。
3.日本黄药以防止溃烂伤口二次感染。
治愈机率：难。
三.腹水、立鳞
如同吹气般的气球，鱼儿精神不振。
原因：可分为两种，水质不良与饵料不洁。水质恶化时，会引起许多疾病，腹水就是其中的一种。另外，喂食不洁的生饵也很容易导致腹水。因此，确保每一次的饵料都够新鲜，是预防腹水的重要课题。另外，由不洁饵料所引起的腹水，运气好有的隔日便会自行消失，然而，若是因水质败坏而引起之腹水，则治愈情况会不高。
症状：鱼儿像是被吹气般身体涨大，呼吸急促，不吃东西，末期伴随着立鳞，整支鱼宛如松果般。
治疗：针对不同的发病原因有不太一样的治疗方式。若是因水质不良所引起，那么下药只会加速鱼儿死亡。对于水质不良的腹水，首先第一步是改善水质，或是把鱼捞到洁净的水中，再来下药。
腹水的治疗众说纷纭，大约有以下几种：
1.高剂量黄药治疗。
2.抗生素治疗。
3.法国抑万菌。
4.体内虫药。
治愈机率：难。
*然而，不管是什么治疗方式，腹水的治愈率都相当低，因此，腹水症还是以预防为佳。另外，抗生素通常指的是绿霉素，不溶于水，需配合饵料口服，由肠胃道吸收。
